敷地を分割して建築をするのですが、協議は一つでいいですか。

回答

建築敷地（建築確認申請1件）ごとに、協議書を正副1部ずつ提出してください。
後退線の明示（後退くい等の設置）も建築敷地ごとに行ってください。